微生物肥料通常被称为菌肥，简称菌肥，是指一类含有活微生物的特殊肥料，用于农业生产，可以获得特定的肥料效应。它是一种从土壤中分离出来的有益微生物，经过人工繁殖繁殖后制成的一种细菌剂，是一种辅助肥料。施用后，借助菌肥中微生物的生命活性。施用后具体效果如下：
1.固氮功能。
空气中有80%是氮气，其特性十分平稳，不可以被植物直接应用，务把氮气分子转换为氨或产生别的氮化合物后，植物才可以吸咐。因为微生物肥料中带有固氮酶，能将空气中的氮气转换为氨，从而转换成谷氨酸和谷氨酸胺类，使农作物能消化吸收运用，使用率高达90%之上。
2.解磷功能。
解磷微生物可以在其生命活动中产生有机酸，这种有机酸可以分解和破坏矿物晶体，从而释放固定的磷营养物质。充分利用土壤中的磷营养物质，减少土壤中的固定量，促进作物获得更多的磷营养物质。
3.解钾功能。
除此之外，细菌本身的细胞组成含有较高的钾含量，其灰份中的钾含量高达33-43%，细菌体内的钾含量高达33-43%，细菌体内的钾也可以在生长繁殖过程中分泌低分子量有机酸来分解钾。
4.作物生长的刺激作用。
吲哚乙酸和赤霉素是一种可以刺激作物生长的微生物细菌，尤其是在根系发育过程中，可以提高作物的营养吸收能力，加速作物的生长发育。
5.作用防治农作物病虫害。
功能微生物的生长发育和繁殖，可以在农作物根际土壤微生态系统中形成优势种群或产生抗生素，分泌细胞外溶解酶来抑制其他有害微生物的生长和繁殖，从而降低了有害微生物的危害。
